耳朵根部后面疼的原因主要包括外耳道炎癥、上呼吸道感染、化膿性中耳炎等，具體內容如下：1、外耳道炎癥：當頻繁掏耳朵或者把外耳道掏傷，會出現外耳道的炎癥。外耳道炎癥會放射到周圍，出現耳周部疼痛，有時按壓外耳道或耳根部時會出現疼痛；2、上呼吸道感染：上呼吸道感染可導致耳膜的急性炎癥，即急性中耳炎。當出現急性中耳炎時，也會放射到耳后部、耳根部，導致該位置出現疼痛；3、化膿性中耳炎：當耳膜穿孔，有膿液在中耳腔內流出時，會刺激到外耳道，導致化膿性中耳炎，也會引起耳根部疼痛。因此，當出現耳根部疼痛時，需要檢查是耳道的問題還是耳膜的問題，并根據病因進行對癥治療。