一般經十二指腸鏡膽管取石風險主要是出血、感染，以及消化道穿孔為主要表現。一般十二指腸鏡取石之前需要用切開刀，切開十二指腸乳頭的狹窄段，便于取石。這時用切開電凝刀切開的同時會誘發十二指腸動脈出血，有些人會出現大出血，需要血管夾夾住，或者經過介入治療方法來止血。但大部分十二指腸鏡下的切開，出血比較好控，通過用抑酸藥或者止血藥這種保守治療方法，可以控制。另一個則是感染，本身膽管結石的病人伴有短期感染，切開取石過程當中，或者之后，因為十二指腸的壓力比膽管的壓力有的時候高，十二指腸液食物的反流，也會導致短期的感染，做完手術之后，也會出現反復的發燒、寒戰、高熱。此外，本身切開過程當中，有的時候結石嵌頓，取石失敗也比較常見。如果出現這種情況，需要再次取石，或者是通過手術治療方法來進一步處理。