經皮腎鏡取石雖然是微創治療，但也有一定風險，需要手術者積累相當豐富的手術經驗以后才可以開展。因為該技術需要用X線或B超定位，需要手術醫師經過漫長時間的學習，才能充分掌握。該技術需要把腎臟穿1cm左右的洞，這個洞雖然創傷不是很大，但因為腎臟有非常豐富的血供，穿刺過程中，有可能引起腎臟出血。該類出血大部分通過保守都可以處理，稍微大一點的血管若保守治療無效，但因為現在有介入科，血管造影技術已經非常成熟，請介入科幫忙也可以通過基本無創的辦法做血管封堵，效果非常好，無需擔心。但經皮腎鏡還有一比較大的風險是感染，因為結石很多會伴隨感染，感染性結石在沒有完全控制好時，手術中需要用水沖，可以隨著沖洗液進入到人體血液里，可能會引起病人術后高熱，嚴重時還會出現感染性休克，這是臨床最不愿意碰到的比較嚴重的并發癥，需要術者包括助手，整個團隊要積累非常多的經驗，早期發現危險苗頭，及早調整用藥，該部分病人才可以轉危為安。大家對以上不需要有太大疑慮，只要經驗豐富的手術者都可以在最早期的把隱患消滅在萌芽狀態。