下丘腦垂體功能減退實際上很多激素水平可能都會受影響，下丘腦、垂體，以及下位的靶線，即下丘腦-垂體-靶腺軸具有多個通路，包括下丘腦-垂體-甲狀腺軸、下丘腦-垂體-性腺軸、下丘腦-垂體-腎上腺軸。當下丘腦垂體功能受到影響時，下位靶腺的激素水平通常也都會分泌低下，出現功能不足，因此需要判斷哪個軸出現問題，繼而進行相應的治療，通常是采取替代治療。比如下丘腦-垂體-甲狀腺軸受到影響，這時替代的是靶腺激素，即甲狀腺激素。如果下丘腦-垂體-腎上腺軸受到影響，這時替代的是腎上腺分泌的糖皮質激素。當下丘腦-垂體-性腺軸出現功能減退時，可能替代的激素不僅局限在性腺分泌的激素，如雄激素、雌激素，還要根據患者有沒有生育需求。如果患者沒有生育需求，僅需要維持第二性征，替代雌激素或者雄激素即可。如果有生育需求，還要替代下丘腦和垂體分泌的激素，這時可能要替代GnRH類的藥物，使患者出現正常排卵，或者正常的精子生成，才能夠使患者完成生育需求。所以針對不同的下丘腦垂體功能減退，以及不同的需求，替代不同的激素。