根治慢性化膿性扁桃體炎，一般建議是手術切除。因為藥物只是在急性發作時使用，扁桃體急性炎癥時一般都是選用合適的抗菌素，首選青霉素或者頭孢類的抗菌素，同時輔助應用退熱、止痛的藥物，都是在急性期使用。但是，并沒有藥物可以把慢性化膿性扁桃體炎根治。如果患者反復發炎，標準一般是成年人1年2次以上有急性發作，通常就建議等急性炎癥期過去后，可以選擇在合適的時間手術切除扁桃體。扁桃體具有一定的免疫功能，但是在10歲以后基本上就退化掉。所以如果扁桃體反復發炎，成年人切除不用有顧慮。而對于兒童，如果扁桃體反復發炎甚至過度肥大，也可以考慮進行手術切除，對兒童身體的發育，也一般不會存在嚴重不利的影響。這點家長也不需要有過多的顧慮，根治一般建議就是手術切除。