甲狀腺的疾病跟吸煙有一定的關系，在吸煙以后，對甲狀腺疾病的控制非常不利。當然在甲狀腺沒有發現疾病的時候，長期吸煙對甲狀腺腺體也有傷害。吸煙對全身都存在傷害，甲狀腺作為全身重要的內分泌腺體，所以也會受到吸煙的傷害。吸煙主要是尼古丁的成分，對身體發生過氧化損傷的破壞，嚴重削弱患者的免疫功能，而甲狀腺疾病的發生，大多數與免疫功能有關。所以當甲狀腺沒有疾病的時候，如果免疫功能正常，就能夠長期維持正常的功能，不會發生甲狀腺功能減退或甲狀腺功能亢進、甲狀腺結節、甲狀腺炎等容易出現的疾病。一旦出現了免疫功能的減退，例如吸煙，削弱了身體的免疫功能，就容易使機體出現甲狀腺免疫功能受損而引起的相關疾病。一旦出現以后，吸煙還可以繼續損害甲狀腺，使甲狀腺的腺體組織繼續發生過氧化的損傷和自身免疫反應。而自身免疫反應侵犯了甲狀腺，就可以破壞甲狀腺的功能。所有的自身免疫反應，其實結果都是破壞，如果自身免疫反應發生在甲狀腺，機體就可以檢測出甲狀腺相關的自身免疫性的抗體。因此平時檢查甲狀腺功能，有時可以查到甲狀腺球蛋白抗體的陽性或水平升高。另外，甲狀腺過氧化酶抗體、促甲狀腺素受體抗體的滴度升高，皆跟甲狀腺發生的自身免疫反應有關。而自身免疫反應跟長期吸煙削弱了身體的自身免疫功能也有著密切的關系，一旦得了甲狀腺疾病，還要繼續吸煙，也會影響疾病的預后和恢復。