賁門癌可于胃鏡下進行觀察，胃鏡是診斷和確診賁門癌非常有效的方法，也是臨床上經常用到的檢查方法。在胃鏡下賁門癌早期只是發生在賁門部，即食管與胃的結合部，黏膜只是存在紅斑或黏膜呈糜爛、顆粒狀，或者存在小的結節改變。 隨著賁門癌的發展，這些表現會進而向著黏膜或者黏膜下層浸潤，進而形成中晚期的表現，會形成菜花狀的新生物或者形成惡性的深潰瘍狀的新生物。 隨著疾病的再發展，賁門癌還可以向上侵犯至食管下端，向下侵犯到賁門下，或者侵犯到胃體，此外還可以隨著疾病的發展侵犯到胃角，進而影響整個胃。