哺乳期吃益生菌多數不會對寶寶造成負面影響，因為益生菌主要被媽媽消化道表面吸收，不一定會進入乳汁中。即使乳汁中可能含有少量益生菌，也不一定屬于媽媽進食菌種，對寶寶消化系統造成影響的概率較小。媽媽所使用益生菌，多數可適用于寶寶服用，即使乳汁中含少量益生菌，對其身體有益處而無害處。因此不要過分緊張，只要不是長期、大量口服益生菌，通常不會對寶寶的生長發育或消化系統造成影響。但哺乳期媽媽要注意飲食，盡量避免生冷、辛辣或刺激性食物，以免導致寶寶出現胃腸功能紊亂、消化不良等臨床癥狀。