益生菌和鈣可以同時服用，生長發育過程需要補充鈣，甚至每日補充，但可能引起便秘 、消化不好等癥狀。同時嬰兒服用益生菌，由于消化不良或其他疾病影響，此時注意服用鈣，可能會引起便秘、惡心、腹部不適等不良反應。雖不影響益生菌使用，但要注意鈣是否引起消化道癥狀。益生菌和抗生素不能同時服用，益生菌大部分是活菌，需要間隔2個小時以上服用抗生素，否則益生菌活性會受到影響，且注意溫水送服，否則也會影響療效。通常服用益生菌存在疾病影響，需要積極治療原發病來緩解癥狀，此時服用藥物較多，可能會影響到鈣的使用。