陰莖上起水皰最有可能的原因是感染生殖器皰疹，又稱為陰莖皰疹，由人類皰疹病毒2型導致。通常感染生殖器部位，多數人有一周以內的潛伏期。生殖器部位會出現細密紅斑，在紅斑基礎上產生小水皰，繼而變成膿皰。大約一周水皰破潰，形成淺表潰瘍。部分患者出現生殖器疼痛、腹股溝區疼痛、淋巴結腫大、輕微發熱等表現。生殖器皰疹通常通過性接觸傳播，屬于性病，少數人可通過毛巾、衛浴用品、潔具等而間接傳染，如果不經治療大多數人三周左右皰疹可能自愈，但可能反復發作，所以應積極治療，因為不僅危害自身健康，也有可能傳染給性伴侶或者配偶。治療方法需口服抗病毒藥物，配合抗病毒軟膏外涂，由于屬于病毒感染并無特效藥物，所以部分患者可能復發，應積極堅持治療。