嬰兒肛裂多數可以自愈，因為嬰幼兒皮膚黏膜彈性較大，肛裂通常止步于慢性潰瘍階段，一般不會發展到瘢痕性狹窄。患兒可以進行局部消毒、碘伏消毒、外涂抗生素軟膏、熱敷、1:5000的高錳酸鉀溶液坐浴等方法治療，同時可以調整嬰兒的飲食，多進食富含纖維素的蔬菜和水果，促進嬰兒養成良好的排便習慣，避免便秘的發生，促進患兒肛裂自愈。 如果患兒發生便秘，可以用開塞露或者溫鹽水灌腸促進排便。若保守治療無效，長期嚴重的肛裂需要局部注射封閉或者手術治療，但臨床上較少見。