生理性抑郁臨床上稱為生物源性抑郁、重癥抑郁、內源性抑郁，指大腦中有神經遞質改變抑郁。大腦中有情緒調節有關的神經遞質，比如5-羥色胺、去甲腎上腺素、多巴胺等，當大腦中的5-羥色胺的濃度下降時便會有抑郁的發生，稱之為內源性抑郁或生物源性抑郁。因此當患者患有生物性的抑郁時意味著大腦中有神經遞質的失平衡，因此也需要用抗抑郁劑治療。抗抑郁劑可以使失去平衡的神經遞質恢復平衡，從而達到治療抑郁癥的目的。