腸瘺的常見原因有手術、創傷、腹腔感染、惡性腫瘤、放射性損傷、化療、腸道炎癥、感染性疾病等多方面因素，臨床上腸瘺主要發生于腹部手術后，是術后發生的嚴重并發癥，主要原因是術后腹腔感染、吻合口略開、腸管血運不良。吻合口瘺、小腸炎癥、結核、腸道憩室炎、惡性腫瘤、外傷感染、腹腔炎癥膿腫也可以直接穿透腸壁，引起腸瘺。有些胃炎性腸病本身的并發癥，如克羅恩病也可引起內瘺或外瘺。根據臨床資料分析，腸外瘺以繼發于腹腔膿腫、感染、手術后的腸瘺最為多見，腸內瘺常見于惡性腫瘤、放射治療和化療，但比較少見。