腦脊液的顏色正常情況下應該是無色或者淡淡的黃色。如果出現其它的顏色，一般表示存在中樞神經系統的疾病。故在腦脊液檢查中，會看到不同的顏色，例如紅色、黃色、灰白色、淡綠色、褐色或者黑色。 紅色是表示中樞神經系統蛛網膜下腔或者腦室出血性疾病；黃色一般見于陳舊性出血或者椎管梗阻性疾病；灰白色見于化膿性腦膜炎；淡綠色見于銅綠假單胞菌、肺炎鏈球菌等細菌感染；褐色或者黑色見于腦膜黑色素瘤。