奧美拉唑腸溶膠囊服用的療程，根據不同疾病有所差異，常見疾病以及用藥時間如下：1、消化性潰瘍：對于胃潰瘍的療程通常是6-8周，對于十二指腸球潰瘍的療程通常是4-6周即可停藥；2、反流性食管炎：治療的時間也是6-8周，對于重度反流性食管炎的患者，比如內鏡下診斷洛杉磯分級，被評為洛杉磯分級的C或D級患者，有可能8周以后沒有癥狀，但是一旦停藥可能還會反復。因此對于中到重度的反流性食管炎患者，可以適當延長療程，即8周以后可以逐漸減量直至停藥，停止用藥后如果出現癥狀，再按需服藥；3、酸相關性消化不良：比如患者反復出現燒心、反酸，但是做胃鏡檢查，卻沒有明顯的反流性食管炎，也沒有消化性潰瘍表現，考慮有可能是酸相關性的消化不良。這時通過飲食改善效果不好，也可以給予奧美拉唑，按需服用，比如癥狀發作可以給予1-2天用藥，之后可以停止用藥。總之奧美拉唑腸溶膠囊的用藥療程，不同疾病用法不同，療程也不同。長期使用會有副作用，如果長期使用奧美拉唑0.5-1年，可能會導致腸胃息肉增生，甚至胃癌發生的可能。另外也會影響鈣的吸收，對老年人有可能引起骨質疏松等，因此這類藥物一定要在醫生的指導下規律服用。