進行核磁共振檢查對身體沒有傷害，主要是核磁共振是通過磁場成像，利用外磁場對人體的作用，再通過射頻來刺激的人體內氫原子核發生共振，產生信號，再通過計算機收集這些信號轉換為圖像，進行影像學的診斷。CT是通過X線成像，具有X線的輻射，對身體有傷害。 到目前為止還沒有核磁共振對人體傷害的病例，但是有部分的患者不適應做核磁共振檢查，特別是放過心臟起搏器的患者絕對禁止。還有一些是眼球內有金屬異物，或大血管旁有金屬異物，也不能做磁共振檢查。還有需要特別提出的懷孕三個月之內的孕婦，因為三個月之內是胎兒神經系統發育的關鍵時期，強磁場對胎兒神經系統有一定的刺激作用。