甲狀腺結節消融治療幾乎不存在副作用。甲狀腺消融技術是純粹的熱量治療方式，通過高溫殺滅、燒毀腫瘤細胞。 在操作過程中，依靠熱量進行治療，相對于其它方式或化學藥品殺滅腫瘤，這種治療方法的毒副作用非常小。甲狀腺消融技術通過微波產生80℃-90℃高溫，燒毀腫瘤細胞，即蛋白質，達到非常好的治療效果，治療后發生遺癥或并發癥的幾率非常小。 在治療過程中，基本可以達到簡便、微創，而且操作較為安全。治療后觀察1小時就能出院，操作風險也較小。