艾灸盒的使用方法，相對較為簡單。主要是打開艾灸盒以后，點燃內部的艾條，然后合上艾灸盒的蓋子，固定至體表的部位即可。艾灸盒有簡單的，也有復雜的，簡單的通常是木盒，可以合上蓋子，放置在腹部、腰背部等較為平坦的部位。還有相對比較復雜的，例如艾柱，可以直接插到灸盒上，再沿脊柱排列，可以進行督脈灸。另外有艾灸盒更為復雜，可以進行控溫，即通過調節風力的大小，控制艾灸的氧氣，直接影響到艾灸的燃燒火力和艾灸的時間，可以調節艾灸發散的熱量和艾灸時間的長短。有的艾灸盒較為簡單，只能放置在體表較為寬闊的部位，但是有的配有固定裝置，可以直接固定于腿部、膝關節，外周存在固定帶。