消化不良可以引起腹瀉，引起腹瀉的機制主要是滲透性腹瀉。慢性腹瀉按照發病機制分為滲出性、滲透性、分泌性和動力性，滲透性腹瀉往往是因為腸腔內的滲透壓增高，導致水分被動進入腸腔，從而引起腹瀉。消化不良的病人因為腸腔內食物不能被很好地消化、吸收，很多營養物質滯留在腸腔中，從而導致腸腔中的滲透壓增高，而導致水分被動進入腸腔，而引發腹瀉。最常見的就是慢性胰腺炎的病人，胰腺是人體內消化酶分泌的最大來源。慢性胰腺炎的病人，因為胰腺存在不可逆的損害，導致胰腺的內、外分泌功能都不全，外分泌功能主要是指的消化酶的分泌，缺乏消化酶，就會導致食物中脂肪、蛋白、糖類都不容易被吸收，在腸道內積留引發發酵，而導致滲透壓增高，從而引發腹瀉。這一類的病人，大便中往往會有油滴，因為其脂肪不能被很好地消化、吸收。對于消化不良引發的腹瀉的治療，主要是補充消化酶，如補充胰酶、各種消化酶等，有助于改善消化不良引發的癥狀。