治療小兒衣原體肺炎首選大環內酯類的抗生素，如紅霉素、阿奇霉素。但由于紅霉素的胃腸反應較重，口服或輸液的用藥次數較多，一天需要吃2次，并且孩子的依從性較差，所以如果沒有特殊的情況，首選阿奇霉素進行口服。因為1天只需服用1次，而且部分進口的阿奇霉素口感較好，更容易口服。衣原體肺炎的治療療程比較長，因為衣原體是介于病毒與細菌之間的特殊病原，療程約為1個月，而阿奇霉素療程是服用3天，停4天。如果在治療的過程中，比如服用1-2周以后發現效果不佳，還需警惕病原體的耐藥性，因為個體對藥物具有差異性，耐藥的程度不同，如果產生耐藥，可能需要及時地到醫院調整用藥。