飛秒激光近視手術雖然比較先進，比較安全可靠，預測性也比原來準分子激光有比較大的提升，但是這種手術還是有一定的并發癥或者后遺癥，比較常見的有以下幾點：1、感染：雖然發生率比較低，但是只要是手術就可能有感染；2、角膜狀態改變：因為飛秒激光手術是在角膜基質層內做透鏡，切削角膜的基質部分，基質部分可能存在纖維重排，所以有些比較敏感的患者術后可能會發生角膜比較薄的云翳、斑翳的現象，這種現象可以在使用糖皮質激素眼藥之后數月到半年的時間內慢慢消退；3、干眼：因為角膜基質有比較多的神經纖維末梢，如果手術做透鏡切斷，這些神經纖維的末梢可能會影響淚液分泌，造成術后干眼；4、屈光回退：有些原本是高度近視的患者做完手術之后，患者覺得一勞永逸就放松警惕心，沒有注意保護眼睛，又造成屈光回退、眼軸再次增長，角膜曲率可能也發生變化，所以術后又發生比較低度數的近視，這種情況也有很多。