結腸透析的具體作用，是幫助病人排出體內多余的毒素。很多物質都可以在結腸被吸收，這時把過濾以后的水經過直腸打入結腸后，第一個，可以阻止過多的毒素從結腸吸收進人體內，第二個，結腸也可以作為一個半透膜，把血液中的一些毒素吸收到結腸透析液中，可以發揮一定的凈化作用，這是結腸透析的特點。結腸透析對于清除體內的中分子毒素、大分子毒素，包括小分子毒素，都有一定的優勢，特別是對于清除體內中、大分子的毒素，效果比血液透析效果要好。但是也還是應該能看到，結腸透析畢竟結腸交換的面積沒有很大，所以這時結腸透析排毒的作用沒有很強。其通常用于腎功能不全早期的病人，即肌酐在100-200μmol/L時，可以幫助病人排出體內多余的毒素、延緩腎功能不全的進展，對病人的病情有一定好處。另外排出毒素后，也會對病人的消化系統，以及各個系統都有一定較好的影響。