通常兒童多系統綜合征治療，主要需要針對各系統或者器官功能，給予相關的對癥治療，主要包括以下幾方面：1、多系統合并病變：如兒童既合并心血管的問題，又合并消化系統的問題，甚至還有可能會合并如肺部的問題。對于此類情況，就需要針對，如心功能的不全，可能就需要通過一些對癥的強心擴血管的綜合處理；2、合并肺部病變：如果兒童存在肺部病變，如肺部血管炎，必要時需要進行抗炎或者加強呼吸道管理治療，還需要給予對癥的霧化治療；3、合并風濕結締組織病變：兒童多系統綜合征主要見于系統性紅斑狼瘡，尤其為風濕結締組織病，可能全身，如血液系統、骨骼系統、關節系統、皮膚系統，甚至腎臟、心臟、血液、眼睛等，均可能出現多系統受累表現。如果本身是多系統的炎癥反應，即血管炎，可能需要針對血管炎進行一定的抗炎治療，如用免疫調調節劑、免疫抑制劑。若為多系統、多血管的炎癥，會有針對原發病的治療，還有多系統受累，如果處理不佳，必要時對于兒童代謝性疾病，或者全身性疾病，可以做異基因造血干細胞移植進行替代治療。