胃鏡檢查不會傷胃，因為胃腔、食管腔較大，而且胃鏡直徑不到1cm。功能強的胃鏡可能稍粗，比如帶有附送水，以及雙通道的胃鏡，包括超聲內鏡，鏡身稍粗。醫生對消化道的解剖結構比較了解，在操作時動作輕柔，而且是在直視下邊給氣邊進鏡，不會傷及到胃。部分醫生習慣在鏡身前戴透明帽，更不會傷及胃黏膜。胃鏡檢查是在必要的情況下會進行的活組織檢查，如病理活檢、Hp檢測等。這時會夾取一部分黏膜組織，胃黏膜會有破損、少量滲血，創傷<1cm，出血較快會自行停止。除長期服用非甾體類消炎藥，或者中藥抗凝、疏通血脈的藥物，有可能會導致出血增多，醫生會在內鏡下等待觀察，沒有活動性出血后才會退鏡。必要時會采取止血措施，將糜爛、創傷部位進行燒灼，減少出血風險。