胃鏡檢查是較成熟技術，一般情況下對胃沒有傷害。在做胃鏡過程中，有少數患者出現劇烈惡心、嘔吐，會損傷咽喉黏膜甚至食管賁門黏膜導致出血。如果患者本身胃潰瘍或十二指腸潰瘍較嚴重，潰瘍較深、面積較大，有潛在消化道穿孔風險。 如果在胃鏡過程中發現消化道病變，需取病理活檢，在操作過程中會對黏膜造成損傷，出現出血。但一般情況下，病理檢查所造成的黏膜損傷可很快愈合。所以為避免患者在做胃鏡時產生不適，如果出現劇烈惡心、嘔吐，在做胃鏡檢查前5-10分鐘會喝局部麻醉劑，如利多卡因膠漿，對患者口咽部產生局部麻醉，減少上述癥狀發生。如果沒有明顯禁忌癥，受檢者也可行無痛胃鏡檢查。