早上起來一只眼睛疼的原因如下：1、結膜炎：眼睛局部單眼疼痛，一般是有炎癥的表現，如結膜炎。早上起來發眼睛比較充血、發紅，并有眼睛癢、澀、痛的癥狀，有較多的分泌物，這是一種炎癥表現；2、麥粒腫：最常見的一種是急性炎癥，如麥粒腫，相對于結膜炎來說，麥粒腫所產生的疼痛感更明顯，疼痛也比較劇烈。這時候如果眼睛基本未發紅，也不酸澀、流淚，疼痛比較厲害，可以用手沿著瞼緣輕輕地觸壓，會觸壓到一個明顯的壓疼點，這個壓疼點即麥粒腫的癥狀。在這個情況下，早期24小時以內可以冷敷，經過冷敷后可自然消失，24小時后可以熱敷，促進局部組織的吸收、擴散，一部分炎癥也會逐漸消失。另外一部分局部炎癥聚集，會形成比較明顯的紅、腫、熱、痛等典型癥狀，即麥粒腫的表現。