胃鏡檢查可能會造成胃穿孔，但幾率較低，總體而言屬于比較安全的檢查項目。在胃鏡檢查和治療過程中，若發現胃部病變需取活檢，可能造成胃壁損傷甚至誘發穿孔。另外，在操作過程中，暴力進鏡也會造成咽喉部梨狀窩或者十二指腸穿孔。假如病人惡心、嘔吐反應比較重，導致檢查時視野不清楚，也有可能造成穿孔。若出現穿孔的情況，患者會表現出劇烈腹痛、腹脹，需及時就診，進行外科手術治療。 胃鏡檢查過程中還可能出現咽喉部損傷、咽喉部疼痛，通常三天左右可自行緩解。假如癥狀不緩解，可以含服含化片，嚴重者可去耳鼻喉科查看是否有咽喉部損傷、顳下頜關節脫位等情況。