胃鏡檢查會有異物及惡心感出現，若操作不當亦可能出現咽喉部出血。胃鏡需要應用一根長管插入咽喉進入胃部，會引起異物感，配合較好時，可以將不適感降到最低。一般要求被檢查者咬住牙墊，進行深吸氣與深呼氣，慢慢呼吸并不要吞咽口水，讓口水流出，因為每次吞咽動作均會引起惡心反應，這時一部分胃會進入食管裂孔上方，甚至出現糜爛、滲血，部分患者還可能被長管磨破咽喉，引起出血，一定要注意配合。絕大部分人在清醒時可以耐受胃鏡，部分年輕女性，可能由于較緊張，情緒易激動，難以耐受胃鏡檢查，因此建議做無痛檢查。老年人咽反射遲鈍，可能做胃鏡檢查無特殊反應，較為從容，但這時需要警惕其麻醉風險高，建議進行清醒胃鏡檢查。內臟對切割、牽拉引起的疼痛敏感性較低，因此胃鏡檢查一般不會疼痛，多為惡心感覺，但其對胃脹有一定反應，不過也不需恐慌，胃鏡結束后會將氣體吸出。