甲狀腺過氧化物酶抗體是甲狀腺自身免疫性標志。如果甲狀腺過氧化物酶抗體增高，通常見于自身免疫性甲狀腺疾病，包括甲狀腺功能亢進癥，即Graves病。此外橋本病或慢性淋巴細胞性甲狀腺炎，也可引起甲狀腺過氧化物酶抗體增高。 抗體增高提示甲狀腺存在自身免疫性破壞，時間長后會導致甲狀腺功能減退。過氧化物酶抗體增高60%以上是自身免疫性甲狀腺炎導致的甲減，如果抗體增高不是很明顯，20%-30%可能考慮存在甲亢。因此抗體增高越多，提示自身免疫性破壞越嚴重。