腦膿腫術后常見并發癥主要是顱內感染。本身腦膿腫是顱內感染，切除的時候也有可能導致膿腫破潰，引發全腦脊髓感染，是非常嚴重的并發癥。患者可以出現高熱不退，甚至電解質紊亂，部分患者甚至可能癲癇持續發作，無法控制病情，可導致患者死亡。 腦膿腫切除是開放手術，可以導致竇道形成、腦脊液漏等并發癥。腦膿腫除并發顱內感染，還可以導致顱骨感染、皮下感染等，甚至可導致敗血癥，嚴重者可以出現DIC。