小便時尿道刺痛，要根據其發生的原因選擇用藥。小便刺痛最常見的原因是下尿路感染，主要選擇抗生素進行治療，可以根據尿培養的結果，選擇敏感抗生素，也可以經驗性用藥。推薦的藥物包括磷霉素氨丁三醇、匹美西林、呋喃妥因、喹諾酮類，以及第二代或第三代頭孢菌素。對于男性，還可能存在男性生殖系統問題，比如前列腺炎、精囊炎，也會出現尿道的刺痛。治療方面首選抗生素治療，也可以根據患者的伴隨癥狀進行其他藥物的選擇。比如前列腺炎，可以根據排尿情況，以及是否存在疼痛等癥狀，結合α受體阻滯劑、M受體阻滯劑、非甾體消炎鎮痛藥物、植物制劑，以及中醫藥制劑進行綜合治療。必要時，還要結合前列腺按摩以及理療。其他情況還可以見于尿路結石，尤其是輸尿管末端結石或膀胱結石。對于結石，主要通過影像學檢查。明確診斷以后，進行手術治療。