小便時尿道突然刺痛的原因如下：1、常見原因：多數發生在尿道炎、下尿路感染、膀胱炎時，當下尿路或者尿道受到細菌、真菌、支原體、衣原體等病原體感染時，炎癥刺激會引起局部黏膜的敏感性增高，會感覺到疼痛。尤其是當有尿通過這些黏膜時，刺激會放大，所以會感覺到突然的刺痛，這是比較常見的原因；2、相對較少見的原因：比如泌尿系結石，當結石在后尿道或者尿道里時想排尿，尿液通過不暢，或者尿液經過結石劃傷的黏膜時，也會感覺到有刺痛的感覺。除了上述兩種情況比較常見以外，有時可能泌尿系并沒有炎癥、結石等疾病，有時也會感覺到刺痛，一般考慮神經放射性疼痛，這種情況的發生沒有太多的規律，不會太穩定、頻繁。