足跟血檢查主要是檢查甲狀腺和苯丙酮尿癥兩種疾病，因為這兩種疾病都會影響嬰兒的智力和生長發育。若不合格則要觀察是哪種不合格，復查之后若還不合格，則必須在早期進行藥物治療，否則就會錯過最佳的治療時期。若診斷為先天性甲狀腺功能低下，一定要按照醫生的要求補充甲狀腺素，并隨年齡增大而調整劑量。若診斷為苯丙酮尿癥，應嚴格控制嬰兒的飲食，進食含低苯丙酸的奶粉，定期調整食譜。 通常1歲以下的嬰兒每個月調整1次食譜，1歲以上的小孩可以2個月調整1次，學齡兒童可以3-4個月調整1次，而且還要定期復查嬰兒血液中苯丙氨酸的濃度。每6個月至1年對嬰兒進行體格發育和智能發育的檢查，至少治療到青春期發育成熟，最好終身治療。女性苯丙酮尿病的嬰兒到生育年齡，需在妊娠前半年開始嚴格控制飲食，監測血苯丙氨酸的濃度直至分娩，以免影響胎兒神經系統的發育。