新生兒足底血可以查苯丙酮尿癥，以及甲狀腺功能低下。這兩種疾病屬于先天性疾病，一般在出生后24小時可檢測甲狀腺功能狀態，以及苯丙氨酸含量，如果未經過治療，容易引起全身性及終身性智力損傷。如果新生兒出生后苯丙氨酸增高，確診苯丙酮尿癥后，早期可進行低苯丙氨酸飲食和藥物治療，以控制新生兒血液中苯丙氨酸的含量，避免疾病發展，以及避免長期的智力損傷、癲癇等嚴重并發癥，早期干預很有必要。甲狀腺功能異常，如先天性甲狀腺功能低下如果不進行干預和治療，可發展為智力低下和嚴重的身體損傷。出生后也需要進行早期檢測，經過反復測試，確診為甲狀腺功能低下后需要及時補充甲狀腺素，經過正規的治療可以避免致殘性的發生，新生兒可正常生長發育。