頭頂陣痛的原因如下：1、顱內問題：有顱腦外傷史，或高血壓、糖尿病、動脈硬化的基礎病患者，在情緒激動、過度勞累的誘因下，建議及時進行頭顱核磁共振檢查，目的在于排除是否存在顱內腦出血、血管瘤破裂、腦堵塞、硬膜下血腫以及腦膜瘤等占位性病變的存在；2、局部軟組織無菌性炎癥刺激：通常在受涼、情緒波動、睡眠較差后出現，可通過休息和保暖進行緩解；3、頸源性頭痛：主要由于頸肩部軟組織損害，頸椎小關節病變、刺激和壓迫枕神經出現頭頂部陣痛癥狀，經過頸椎核磁共振檢查后，可進行頸神經的相應治療。