兒童橋本甲狀腺炎并不能從根本上治愈，只能通過藥物進行控制。橋本甲狀腺炎是由于免疫功能紊亂造成的甲狀腺疾病，是因為兒童體內產生了甲狀腺的自身抗體，從而吞噬自身的甲狀腺細胞，引起了甲狀腺功能的紊亂。疾病早期由于兒童自身出現代償反應，會出現甲狀腺功能亢進的癥狀，需要根據甲狀腺功能亢進的癥狀，選擇性地應用抑制甲狀腺素的藥物來維持甲狀腺功能處于正常范圍。隨著疾病進展，甲狀腺細胞的功能逐漸消耗殆盡，這時甲狀腺功能會逐漸由甲狀腺功能亢進過度到甲狀腺功能減退，需要補充甲狀腺素來維持體內的甲狀腺功能處于正常水平，否則會影響身高、體重的增長，甚至智力發育。