發生橋本甲狀腺炎合并甲狀腺功能減退癥時，需要給予左甲狀腺激素替代治療，一般需要終身治療。因為橋本甲狀腺炎是一種自身免疫性疾病，是慢性淋巴細胞性甲狀腺炎，是甲狀腺把自己當成抗原產生自身抗體。隨著病變的進展，逐步發生淋巴細胞代替甲狀腺組織，使得甲狀腺激素的合成分泌沒有場所，導致低代謝癥候群、甲狀腺功能減退癥。橋本甲狀腺炎的患者可以出現記憶力減退、嗜睡、關節疼痛、體重增加、黏液性水腫。女性患者出現月經紊亂與月經量增多為其表現，累及到心臟時發生心音低鈍、心率慢、心包積液、心衰，患者可以發生黏液性水腫、黏液昏迷，非常危險。一般給予左甲狀腺激素替代治療，從小劑量開始，根據患者的年齡、心臟功能逐漸加量，一直加到能夠完全替代的劑量，切忌患者不能隨意停藥，一般需要終身治療。服用左甲狀腺激素替代治療以后，使得甲狀腺激素水平與正常人一樣，所以就能跟正常人一樣的工作、生活、學習、結婚、生子。只是需要終身服用左甲狀腺激素，以達到臨床治愈。