腧穴的特殊作用通常有兩方面，一是有比較好的雙向調節作用，另一個作用是真正意義上的特殊作用。天樞、足三里既可以治療便秘、大便困難，也可以治療腹瀉、拉肚子，不管是偏高或偏低，針灸腧穴都可以起到治療作用，這就是雙向調節作用，而且選擇的腧穴組方基本上一樣。心跳過快可以選擇內關，心跳過慢也可以選擇內關，內關在心率調節上具有雙向的調節作用，這也是它的特殊作用。還有一部分特殊作用指的是腧穴可以治療非本經的病，一個穴位歸屬一條經脈，這條經脈有其主治作用。腧穴可以治療本經、表里經的病患，但有些穴位的治療作用比較特殊，比較偏離其本經的疾患，如至陰穴可以轉胎，少澤穴可以通乳，都屬于腧穴的特殊作用。