燒艾草有一定的室內消毒作用，但效果并不如現在常用的含氯消毒劑，比如84消毒液，紫外線消毒車、紫外線消毒燈以及空氣潔凈器等，可以作為輔助消毒方式，不能將其作為單獨的一種消毒方式。通過燒艾草消毒是傳統中醫用于防瘟疫的方法之一，過去并沒有含氯的消毒劑、紫外線燈以及空氣潔凈器，燒艾草是一種比較好的消毒的方法，因為燒艾草所產生的大量煙霧，可以比較均勻的分布于室內的各個空間。研究發現艾草產生的煙霧中的某些成分具有比較好的殺菌作用，對于金黃色葡萄球菌、結核桿菌以及其他病菌具有比較好的殺滅作用，在過去科技條件不發達的情況下，燒艾草可以達到一定的室內消毒的目的。但引起人類疾病的病原微生物并不僅僅有細菌，還包括各種病毒，也容易引起人體罹患某些疾病，尤其傳染病，而燒艾草所產生煙霧的殺滅作用比較有限，即使是對于金黃色葡萄球菌，艾草所產生的煙霧的殺滅作用，相對而言也比較有限。所以現在進行室內消毒更應該選擇含氯的消毒劑，如84消毒液、紫外線燈或空氣潔凈器等，燒艾草消毒空間只能作為一種輔助方式。