臨床常見的孕酮低的原因包括黃體功能不足引起，這時雖然孕酮偏低，但是尚在正常范圍之內，患者可能伴有出血癥狀，醫生有時可能會使患者在后半周期服用孕激素類藥物，達芙通、益瑪欣、來婷丸等含有孕激素藥物，還可以使用黃體酮針劑等幫助患者補充孕酮，以達到止血、保胎的作用。幫助患者升高孕激素，或者進行人工周期治療，幫助患者調整月經周期。比較多見的孕酮低，是由于部分女性剛懷孕時，可能會出現少量或者多量陰道出血，檢查孕酮發現較低，可能提示胚胎預后不良，即可能發生流產、胎停。如果孕酮過低，醫生可能不一定會建議女性患者保胎。如果胚胎本身先天受精卵的質量可能較差，如果強行保胎，可能難以保留，同時后期再服用某些保胎藥，可能會出現比較大的問題，例如胚胎的發育畸形、異常等。