通常全準分子與全飛秒手術相比較，目前認為全飛秒激光治療屬于更好的新一代矯正近視辦法。全飛秒激光手術主要通過飛秒激光，在角膜基質層內制造出鏡片，通過較小切口將鏡片取出以矯正近視。而準分子激光實際上需要制作角膜瓣，通過飛秒激光或者板層刀將瓣掀起，在瓣下角膜基質層切削磨制鏡片。通常兩種方式目前認為全飛秒激光因切口較小，同時沒有制作結膜瓣而不易發生干眼以及感染，屬于安全、可靠的手術方式。相比較而言，準分子激光手術因要制作結膜瓣，易發生瓣偏位、瓣下渾濁且切口較大易發生感染。在臨床中認為準分子激光手術優點弱于全飛秒激光手術，但由于部分患者情況特殊，比如患者度數較大、角膜功能不良甚至需要二次手術時，也可選擇準分子手術，但一般認為全飛秒激光手術較安全。