龜頭隱隱作痛的原因包括以下幾種：1、淺表性龜頭炎：最為常見，病人發生淺表性龜頭炎時，會在龜頭黏膜表面形成局部糜爛、水腫癥狀，還會出現局部隱痛癥狀；2、急性環狀潰瘍性龜頭炎：病人發生環狀潰瘍性龜頭炎時，會在龜頭表面形成多個淺表的潰瘍改變，表面有少許膿性分泌物，通常伴有隱痛或刺痛癥狀；3、尿道炎：病人發生非淋菌性尿道炎時，由于感染性致病菌導致尿道黏膜破損、糜爛，會導致尿道黏膜出現隱痛和刺癢癥狀。由于尿道口有膿性分泌物，膿性分泌物中含有大量致病微生物，刺激龜頭時會導致龜頭出現隱痛或不適癥狀。若病人出現上述癥狀時應及時到泌尿外科或男科就醫，通過分泌物檢查確診是否有尿路感染，通過局部檢查可以發現有無淺表性龜頭炎、潰瘍性龜頭炎。通過規范的藥物治療，多數病人龜頭隱隱作痛癥狀會明顯好轉。