龜頭內部隱痛的原因主要包括以下幾種： 1、龜頭炎：患者的龜頭表面可出現糜爛、紅腫，并且還會出現局部紅疹。在紅疹破裂后會形成龜頭糜爛面，進而會出現龜頭內部隱痛或刺痛癥狀； 2、淋菌性尿道炎：由于病原體刺激尿道黏膜，導致黏膜破損糜爛，還會使黏膜出現水皰、膿皰，而膿皰在破裂后，則會形成尿道口膿性分泌物，當尿液刺激糜爛的黏膜時，患者可出現龜頭內隱痛的癥狀； 3、尿道結石：當尿道結石排出體外時，由于結石劃破尿道黏膜，也會導致黏膜破損出血，還會出現疼痛。如果結石嵌頓在舟狀窩，則會引起龜頭出現隱痛癥狀。因此，當患者出現上述癥狀時，應及時到泌尿外科或男科就診，通過局部檢查等可以明確診斷。如果患者出現尿道結石，則可以用尿道鏡將結石打碎并取出。