非結核分枝桿菌病的治療要根據菌種決定，因為不同菌種有不同治療方案，所以要進行菌種鑒定，明確分枝桿菌，然后進行治療。進行治療之前需要進行藥物敏感試驗，并且根據藥物敏感試驗選用5-6種聯合治療，治療時間一般需要12-18個月，在痰菌轉陰以后鞏固治療12個月。臨床上不建議進行經驗性治療，一般需要在確診以后才開始治療。同時，如果是非結核分枝桿菌肺病，一般臨床不建議手術治療，還是通過藥物治療。 非結核分枝桿菌病的治療藥物一般有6-7種，包括克拉霉素、乙胺丁醇、利福平、利福布汀、阿米卡星、多西環素、左氧氟沙星、莫西沙星等。