肺膿腫一般不單用中藥辨證治療，要根據引起肺膿腫的不同病原微生物，選用不同抗生素進行抗感染治療，同時配合中醫中藥辨證治療。如果是細菌感染引起，可以根據不同細菌選用不同抗生素進行抗感染治療。如懷疑陽性球菌，可以用阿莫西林、阿莫西林克拉維酸鉀，或頭孢菌素類的頭孢呋辛、頭孢羥氨芐，或大環內酯類的阿奇霉素等。如果是18歲以上的成人，可以用喹諾酮類的莫西沙星或甲磺酸左氧氟沙星等進行抗感染治療，同時配合中醫中藥辨證治療。一般常見的證型是痰熱壅肺，可見咳嗽、咯黃膿痰或咯膿血痰，用清金化痰湯治療，起到清肺化痰的功效。肺膿腫還可以是真菌感染引起，可以用兩性霉素B等抗真菌藥物進行治療，同時配合中醫中藥辨證治療。