兒童間歇性斜視的原因，總體來說應該是原因不明，有可能因為是大腦對眼睛的控制能力差導致。因為兩眼融合功能是大腦控制，雖然不能明確融合的中心，是因為大腦的研究遠遠還沒有達到所有方面的程度，但是能夠知道確實是大腦在控制兩眼。還有可能因為眼眶跟眼外肌之間的關系，以及眼外肌的發育平衡性、神經支配的平衡性，還有就是人的知覺和眼睛肌肉之間的相互關系。總而言之，是非常復雜的情況，不能夠說明具體某一個人是因為什么原因造成的間歇性斜視。但是間歇性的斜視是由于有了斜視的存在，所以導致雙眼的視功能受影響。在做手術的時候，并不能夠發現這種兒童眼睛明顯有肌肉不對稱的情況，所以不能歸結為就是肌肉或者是神經支配的問題。但是總而言之，一定是有一定的原因，而且外斜視也有易感基因、家族聚集性的基因，而且經常會遇到有明顯的家族史，所以可能會有基因層面的原因。但是具體是什么樣的基因導致這樣的問題，現在仍然在研究之中。