腎囊腫是否影響腎功能需要根據實際情況來進行判斷，具體如下：1、單純性良性腎囊腫：當直徑＜5cm時，一般不影響腎臟組織，當直徑＞5cm時，有可能對腎臟形成擠壓，絕大多數情況下對腎功能的影響不存在；2、復雜性腎囊腫：即囊腫有可能出現惡性病變，在切除腎囊腫后，絕大多數情況下不影響腎臟功能；3、多發性腎囊腫：當囊腫比較大時，對正常的腎臟實質可能產生擠壓，有可能影響腎臟的功能，但是影響很小，幾乎在臨床上不可見；4、多囊腎：早期囊腫比較小時對腎臟功能沒有影響，到了后期，年齡40-50歲時，可能囊腫急劇增大，大到直徑十幾公分，雙側腎臟布滿大小不一、多少不等的囊腫。此時對腎臟實質有可能產生嚴重的損害，造成血中肌酐升高，即多囊腎造成的腎功能不全。同時由于囊腫過大造成腎臟損害，容易出現RAAS系統激活，腎素過度分泌，可以出現高血壓。高血壓本身也可對于腎臟造成嚴重的損害，從而加重血中肌酐的升高。