肺真菌病治療非常復雜，療程比較長。不同肺真菌病治療時間也不同。最容易治療的念珠菌肺炎，治療時間需要根據患者的臨床癥狀以及肺部病灶吸收的時間來決定。 對于隱球菌性的肺炎，治療時間至少需要半年以上。如果肺隱球菌同時合并隱球菌腦膜炎，則治療時間需要延長到一年以上。對于曲霉菌感染的肺炎，治療時間至少為16周；有些患者還需要通過手術治療，手術以后還需口服14周的藥物。 總之，肺真菌病的治療復雜，時間久，建議患者前往專科醫院得到正規的治療。