目前進行腭裂手術的最佳時間推測是患兒約2歲時，此時患兒體重達到一定標準，手術抵抗力增強，所以進行全身麻醉手術時，風險發生幾率明顯降低。同時2歲也是兒童學習說話的開始階段，此時進行手術對患兒將來說話和構音影響較小。隨著科學進一步發展，腭裂的手術時間有提早趨勢，但需要根據醫生和醫院的水平來綜合考量，包括麻醉科和相關科室兒科的水平。早期手術可能導致患兒出現手術并發癥，有發生手術危險、意外的可能性。