陰莖癌在龜頭，也就是陰莖頭，最早期的表現是局部皮膚增厚，這時候通常容易被忽視，從而漏診。隨著疾病進一步發展，會發生在陰莖頭和包皮局部的丘疹破潰，以及菜花樣的隆起。病變進一步加深，就會形成潰瘍面或者破潰，破潰邊緣是硬而不規則，表面常有膿性分泌物產生，呈惡臭味，局部會逐步出現菜花樣腫物。菜花樣腫物逐漸增大，表面污穢、凹凸不平，常侵犯到尿道海綿體或者陰莖海綿體，會造成排尿困難的癥狀。隨著疾病發展，病變除在局部進展以外，最重要的是發生轉移。陰莖癌的轉移，最常見的轉移部位是腹股溝淺深淋巴結的轉移，進一步轉移到腔外淋巴結，也有直接進入到深部淋巴結，或者腔外淋巴結。出現淋巴結轉移或者淋巴結腫大，要跟是否合并感染進行鑒別，因為有一半是感染性因素，另外一半是轉移性因素，轉移進一步發展，轉移灶和原發灶都可以出現破潰、感染出血。遠處器官轉移發生以后，就會出現轉移器官的相應并發癥。同時患者會出現全身的消耗癥狀，如惡病質、貧血及蛋白血癥、全身衰竭等。有一部分陰莖癌患者會出現高鈣血癥，可能跟腹股溝淋巴結轉移有關，行轉移灶切除以后，高鈣血癥就會消失。